La source de la peste noire dans l’Eurasie centrale du XIVe siècle
Peste: des dents anciennes révèlent où la peste noire a commencé, selon des chercheurs
La pandémie de peste noire est originaire du Kirghizistan, selon l’ADN ancien des dents des victimes de la peste
La peste noire, la peste du 14ème siècle, est originaire du Kirghizistan, selon de nouvelles recherches sur l’ADN tirées des sépultures au lac Issyk Kul
Les origines de la peste noire identifiées dans l’ADN bactérien ancien
« Nous avons localisé son origine dans le temps et dans l’espace, ce qui est vraiment remarquable », a déclaré l’un des chercheurs.
La peste noire, la pandémie la plus meurtrière de l’histoire de l’humanité, a peut-être d’abord fait son apparition en Eurasie centrale, selon une nouvelle étude publiée dans la revue Nature
Les origines géographiques de la peste dévastatrice du 14ème siècle de notre ère ont été longtemps contestées , des recherches antérieures faisant des prédictions allant de l’ouest de l’Eurasie à la Chine.
Cette dernière estimation s’appuie sur de nombreuses preuves, y compris une remarquable analyse ADN de personnes décédées au 14ème siècle de notre ère autour du Kirghizistan actuel.
Le travail se concentre sur la profonde vallée de Chüy, près du lac Issyk Kul dans le nord du Kirghizistan, où un nombre étonnamment élevé de sépultures peut être daté de 1338 et 1339 CE. Les sources écrites de la région à cette époque sont rares, mais cette date de 1338 est huit ans avant que l’on sache que la peste noire est arrivée sur les côtes de l’Europe en 1346 CE.
De nombreuses pierres tombales de la région sont inscrites en cyrillique, expliquant que les tombes contiennent les corps de personnes décédées de la « peste ». Cependant, les chercheurs ont douté qu’ils aient une grande pertinence pour la peste noire puisque la datation était à plusieurs années de l’émergence établie de l’épidémie de peste en Europe.Des preuves génétiques peuvent désormais prouver que les tombes contiennent en fait les corps de certaines des premières victimes connues de la peste. L’équipe a extrait l’ADN ancien de sept individus enterrés sur les sites et a découvert des traces de la bactérie responsable de la peste , Yersinia pestis , dans trois des échantillons.
Après avoir reconstruit l’ADN de la bactérie ancienne dégradée et fragmentée, ils ont découvert que la souche avait émergé à l’aube du « big bang » initial de la peste noire.
« Nous avons constaté que les anciennes souches du Kirghizistan sont positionnées exactement au nœud de cet événement de diversification massive. En d’autres termes, nous avons trouvé la souche source de la peste noire et nous connaissons même sa date exacte [l’année 1338 CE] », a déclaré Maria Spyrou, auteure principale et chercheuse à l’Université de Tübingen en Allemagne.
Les chercheurs ont également découvert que les rongeurs vivant actuellement dans cette région sont toujours infectés par des souches modernes de peste étroitement liées aux anciennes souches qui ont causé la peste noire. Puisque nous savons que les épidémies de peste commencent généralement par le débordement d’un animal – souvent un rongeur ou ses puces – cela suggère en outre que l’émergence de la peste noire a une sorte d’origine ici en Eurasie centrale.
« Nous avons trouvé des preuves anciennes, ainsi que des preuves modernes. En même temps, nous avons des pierres tombales qui nous disent même quand cela s’est produit », a déclaré mardi Johannes Krause, auteur de l’étude de l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine, lors d’un point de presse.
« Nous avons localisé son origine dans le temps et dans l’espace, ce qui est vraiment remarquable. »
La source de la peste noire dans l’Eurasie centrale du XIVe siècle
L’origine de la pandémie médiévale de peste noire (AD 1346-1353) a fait l’objet d’une enquête continue en raison de l’impact démographique important de la pandémie et de ses conséquences durables. Jusqu’à présent, les preuves archéologiques les plus débattues potentiellement associées au déclenchement de la pandémie proviennent de cimetières situés près du lac Issyk-Kul du Kirghizistan actuel . On pense que ces sites ont abrité des victimes d’une épidémie du XIVe siècle, car les inscriptions sur les pierres tombales directement datées de 1338-1339 indiquent que la « peste » est la cause de la mort des personnes enterrées . Nous rapportons ici les données ADN anciennes de sept individus exhumés de deux de ces cimetières, Kara-Djigach et Burana. Notre synthèse des données archéologiques, historiques et génomiques anciennes montre une implication claire de la bactérie pesteuse Yersinia pestis dans cet événement épidémique. Deux génomes anciens reconstruits de Y. pestis représentent une seule souche et sont identifiés comme l’ancêtre commun le plus récent d’une diversification majeure couramment associée à l’émergence de la pandémie, ici datée de la première moitié du XIVe siècle. Les comparaisons avec la diversité actuelle des réservoirs de Y. pestis dans la région étendue du Tian Shan soutiennent une émergence locale de la souche ancienne récupérée. Grâce à de multiples sources de preuves, nos données soutiennent une source du début du XIVe siècle de la deuxième pandémie de peste en Eurasie centrale.
Malgré d’intenses recherches multidisciplinaires sur ce sujet, l’origine géographique de la deuxième pandémie de peste reste floue. Des hypothèses basées sur des archives historiques et des données génomiques modernes ont proposé un certain nombre de sources putatives allant de l’ouest de l’Eurasie à l’est de l’Asie (informations supplémentaires ). 
Ces dernières années, des comparaisons entre les génomes anciens et modernes de Y. pestis ont montré que la peste noire était associée à une émergence en étoile de quatre lignées majeures (branches 1, 2, 3 et 4), dont les descendants sont dispersés parmi les foyers de rongeurs en Eurasie, en Afrique et dans les Amériques. Bien que des lignées existantes qui ont divergé avant cet événement aient été identifiées dans le centre et l’est de l’Eurasie, les données complémentaires sur l’ADN ancien (ADNa) de ces régions font défaut. Jusqu’à présent, les analyses des archives historiques et des données anciennes sur Y. pestis se sont largement concentrées sur la progression de la pandémie dans l’ouest de l’Eurasie. Bien que des efforts pour élargir les enquêtes historiques et fournir une perspective spatio-temporelle plus large soient en cours , l’orientation eurocentrique dominante a entravé l’identification des origines de la deuxième pandémie. 
Une épidémie du XIVe siècle en Eurasie centrale : Pour explorer les preuves possibles associées à l’histoire ancienne de la deuxième pandémie de peste, nous avons enquêté sur les cimetières de Kara-Djigach et Burana, situés dans la vallée de Chüy près du lac Issyk-Kul du Kirghizistan moderne. Les fouilles de ces cimetières entre 1885 et 1892 ont révélé un ensemble archéologique unique potentiellement associé à une épidémie qui a touché la région au cours du XIVe siècle. Sur la base des inscriptions sur les pierres tombales, ces cimetières présentaient un nombre disproportionnellement élevé de sépultures datant de 1338 à 1339, certaines inscriptions indiquant que la cause du décès était due à une peste non précisée. Compte tenu de l’emplacement, du moment et du modèle démographique associé, les premières interprétations considéraient ces caractéristiques comme révélatrices d’une épidémie de peste et ont depuis déclenché un débat de longue durée sur l’association de l’épidémie avec le début de la deuxième pandémie de peste .
Peste: des dents anciennes révèlent où la peste noire a commencé, selon des chercheurs 
Les chercheurs pensent avoir découvert les origines de la peste noire, plus de 600 ans après qu’elle ait tué des dizaines de millions de personnes en Europe, en Asie et en Afrique du Nord.
La catastrophe sanitaire du milieu du XIVe siècle est l’un des épisodes pathologiques les plus importants de l’histoire de l’humanité.
Mais malgré des années de recherche, les scientifiques n’ont pas été en mesure de déterminer où la peste bubonique a commencé.
Maintenant, l’analyse suggère que c’était au Kirghizistan, en Asie centrale, dans les années 1330.
Une équipe de recherche de l’Université de Stirling en Écosse et de l’Institut Max Planck et de l’Université de Tubingen en Allemagne a analysé d’anciens échantillons d’ADN provenant de dents de squelettes dans des cimetières près du lac Issyk Kul, au Kirghizistan.
Ils ont choisi la région après avoir constaté un pic important d’inhumations en 1338 et 1339.
Le Dr Maria Spyrou, chercheuse à l’Université de Tubingen, a déclaré que l’équipe avait séquencé l’ADN de sept squelettes.
Ils ont analysé les dents car, selon le Dr Spyrou, elles contiennent de nombreux vaisseaux sanguins et donnent aux chercheurs « de grandes chances de détecter des agents pathogènes à diffusion hématogène qui pourraient avoir causé la mort des individus ».
L’équipe de recherche a pu trouver la bactérie de la peste, Yersinia pestis, dans trois d’entre eux.
Le Dr Philip Slavin, historien à l’Université de Stirling, a déclaré à propos de la découverte: « Notre étude met fin à l’une des questions les plus importantes et les plus fascinantes de l’histoire et détermine quand et où le tueur d’humains le plus notoire et le plus infâme a commencé. »
La recherche a certaines limites, notamment la petite taille de l’échantillon.
Le Dr Michael Knapp de l’Université d’Otago en Nouvelle-Zélande, qui n’était pas impliqué dans le travail, l’a qualifié de « vraiment précieux », mais a noté : « Des données provenant de beaucoup plus d’individus, d’époques et de régions… aideraient vraiment à clarifier ce que les données présentées ici signifient vraiment. »
Le travail des chercheurs a été publié dans la revue Nature , intitulé « La source de la peste noire dans l’Eurasie centrale du XIVe siècle ».
Qu’est-ce que la peste bubonique ?
La peste est une maladie infectieuse potentiellement mortelle causée par une bactérie appelée Yersinia pestis qui vit chez certains animaux – principalement des rongeurs – et leurs puces.
La peste bubonique est la forme la plus courante de la maladie que les gens peuvent contracter. Le nom vient des symptômes qu’il provoque – ganglions lymphatiques douloureux et enflés ou « bubons » dans l’aine ou l’aisselle.
De 2010 à 2015, 3 248 cas ont été signalés dans le monde, dont 584 décès.
Historiquement, elle a également été appelée la peste noire, en référence au noircissement gangreneux et à la mort de parties du corps, telles que les doigts et les orteils, qui peuvent survenir avec la maladie.
La pandémie de peste noire est originaire du Kirghizistan, selon l’ADN ancien des dents des victimes de la peste
Mais en 1338 après JC, la communauté a été frappée par une peste inconnue qui a rempli le cimetière de tombes fraîches. Certaines des pierres tombales ont enregistré la cause du décès comme « peste ».
Flash forward jusqu’à aujourd’hui et les chercheurs ont utilisé l’ADN ancien pour identifier ces décès parmi les premiers cas de l’épidémie de peste bubonique la plus dévastatrice.
« La peste noire est sans doute le tueur d’humains le plus dur de toute l’histoire enregistrée », a déclaré Philip Slavin de l’Université de Stirling en Écosse, co-auteur d’une nouvelle recherche publiée dans la revue Nature.
On estime que la pandémie a coûté la vie à jusqu’à 60% de la population de l’ouest de l’Eurasie sur huit ans à partir de 1346, écrivent le Dr Slavin et ses collègues.
Mais alors qu’on pense qu’il est venu en Europe occidentale depuis plus à l’est, les arguments sur son origine exacte ont fait rage pendant des siècles.
« La peste noire a été l’un des sujets les plus débattus de l’histoire », a déclaré le Dr Slavin, un historien qui s’intéresse aux catastrophes environnementales et aux maladies.
Mais en 2011, les scientifiques ont entièrement séquencé le génome de la bactérie responsable de la peste, Yersinia pestis .
Et cela signifiait que les chercheurs pouvaient rechercher des preuves génétiques solides du microbe dans les restes humains.
Le Dr Slavin et ses collègues se sont concentrés sur les restes des cimetières situés au nord-ouest du lac Issyk-Kul au Kirghizistan, non loin des puissantes montagnes de Tian Shen.
En étudiant les archives, le Dr Slavin a remarqué un « pic massif » du nombre d’inhumations annuelles dans la région entre 1338 et 1339 et s’est demandé s’il pourrait y avoir un lien avec l’épidémie de peste noire peu de temps après. Les archéologues qui avaient à l’origine fouillé les cimetières au 19ème siècle avaient soigneusement fait correspondre des centaines de pierres tombales, avec des dates et des épitaphes, avec ce qui avait été trouvé en dessous. »Tout ce qui manquait était l’ancien ADN », a déclaré le Dr Slavin.
Des chercheurs se tournent vers de très vieilles dents
Le Dr Slavin s’est associé à des généticiens de l’Institut Max Planck en Allemagne pour rechercher l’ADN de bactéries responsables de la peste dans les dents d’une poignée de personnes décédées à l’époque.
Trois des sept spécimens sont revenus positifs pour Y. pestis , confirmant que la peste était à blâmer.
Ensuite, les chercheurs ont comparé la séquence du génome bactérien à d’autres au dossier pour cartographier la relation entre eux sur un arbre généalogique.
Cela leur a donné une image de la propagation de la peste – comme lorsque nous utilisons la recherche de contacts génomiques pour déterminer le mouvement du coronavirus dans le temps et dans l’espace.
L’un des génomes utilisés pour la comparaison provenait de bactéries que les chercheurs avaient précédemment isolées, à partir d’un échantillon plus à l’ouest, dans la région de la Volga en Europe de l’Est.
Jusqu’à présent, c’était la plus ancienne preuve génomique de la peste noire, mais la séquence du Kirghizistan est ancestrale à celle de la Volga, ce qui confirme l’Eurasie centrale comme l’origine de la pandémie.
« Ce qui est vraiment étonnant, c’est que sa position [dans l’arbre généalogique] montre qu’il est venu juste avant la peste noire », a déclaré le Dr Slavin.
Un spécialiste de la langue de l’équipe a aidé à traduire d’autres informations qui soutenaient également la présence de la peste, y compris des pierres tombales qui enregistraient la cause du décès comme « peste ».
« Assez remarquable »
L’expert australien en maladies infectieuses Eddie Holmes a été impressionné par la recherche.
« Le fait qu’ils aient pu trouver ces anciens échantillons de peste était assez remarquable », a déclaré le professeur Holmes de l’Université de Sydney.
« L’élément clé de ce document n’est pas seulement où il (la peste) est apparu, mais quand il est apparu. »
En particulier, il souligne le fait que la maladie est apparue dans la région de Tian Shen quelques années seulement avant que la peste noire ne soit signalée pour la première fois comme une pandémie majeure.
« La bactérie de ces victimes était ancestrale à toutes les souches ultérieures, ce qui signifie que c’était le point d’origine.
« C’est un peu comme trouver les premiers cas de Covid-19 à Wuhan. »
Il a déclaré que la bactérie est probablement passée des rongeurs aux humains dans la région du Tian Shan, avant de se propager en Europe occidentale via les anciennes routes commerciales.
Au XIVe siècle, l’agglomération urbaine de Kara-Djigach était une étape sur la route de la soie reliant la Chine au Moyen-Orient, à l’Afrique et à l’Europe.
Le Dr Slavin a déclaré que les fouilles du cimetière avaient trouvé des cachettes de pièces de monnaie provenant d’aussi loin que l’Iran et le nord de l’Afghanistan, des perles qui devaient provenir des océans Indien ou Pacifique, des coraux, des coquillages et de la soie.
Marge d’erreur étroite ?
Jeremy Austin du Centre australien pour l’ADN ancien de l’Université d’Adélaïde a déclaré que les pierres tombales datées étaient une opportunité « fantastique » de lier la peste à des dates et des lieux spécifiques.
« C’est une belle histoire et c’est probablement une bonne interprétation », a déclaré le Dr Austin.
Mais il était préoccupé par ce qu’il considérait comme une marge d’erreur étroite.
« Toute l’histoire repose sur le fait que le génome qu’ils analysent se trouve à la base même de l’arbre phylogénétique de Y. pestis qui a ensuite causé la peste noire. »
Mais il a dit qu’il y avait très peu de différence entre la séquence des bactéries récupérées au Kirghizistan et l’échantillon de la Volga plus à l’ouest.
Il a déclaré que cela signifiait que toute erreur de séquençage pouvait saper les conclusions des chercheurs.
« S’ils ont commis deux erreurs de séquençage, leur échantillon monte dans l’arbre. »
Et cela, a déclaré le Dr Austin, pourrait changer l’histoire de la direction et de la propagation de la peste noire.
Si la génétique est bonne, ce serait le plus proche jusqu’à présent que les scientifiques soient parvenus à trouver le patient zéro pour la peste noire. Alors, sommes-nous susceptibles de trouver le tout premier cas ? Le professeur Holmes en doute, décrivant l’idée comme une « entité presque mythique ». « Nous ne détectons presque jamais le patient zéro.
« Mais dans ce cas, le patient zéro n’aurait existé que quelques années avant les restes humains prélevés ici. »
Il est possible que le patient zéro ait pu être un nomade ou un autre voyageur, bien qu’il n’y ait aucune preuve dans un sens ou dans l’autre.
« Qui sait? Mais ils auraient certainement interagi avec un rongeur infecté », a déclaré le professeur Holmes.
« C’est incroyable que l’ADN ancien nous rapproche aussi. »
https://www.iflscience.com/origins-of-the-black-death-identified-in-new-dna-study-64068
https://www.bbc.com/news/world-asia-61820604